در اواخر جنگ جهانی دوم، سال ۱۹۴۵، کوییچی شیکیشیما، خلبان کامیکازه، با "میتسوبیشی زیرو"ی خود در یک پایگاه هوایی متروکه در جزیره اودو ژاپن فرود میآید. سوساکو، مکانیک ارشد پایگاه، به شیکیشیما مشکوک میشود و او را به ترس و فرار از وظیفه متهم میکند. همان شب، کابوسی هولناک بر سر پایگاه فرود میآید: گودزیلا، موجودی دایناسورمانند و عظیم الجثه، به پایگاه حمله میکند. شیکیشیما، فلج شده از وحشت، قادر به هیچ مقاومتی نیست و از هوش میرود. شیکیشیما به خانه باز میگردد، اما ویرانی جنگ، قلب او را نیز ویران کرده است. در بمباران توکیو، او پدر و مادر خود را از دست داده و اکنون در دریای غم و اندوه غرق شده است. در میان این ویرانی، شیکیشیما با زنی به نام نوریکو آشنا میشود که او نیز طعم تلخ فقدان را چشیده است. نوریکو که در بمباران یتیم شده، از کودکی به نام یوجی مراقبت میکند و گویی مادری مهربان برای او شده است. گویی زخمهای جنگ کافی نبوده، آزمایشهای اتمی آمریکا در جزیره مرجانی بیکینی، هیولای خفته را بیدار میکند. گودزیلا، قویتر و خشمگینتر از همیشه، بار دیگر به ژاپن حمله میکند و ویرانی به بار میآورد.