داستان انیمیشن جدا نشدنیها حول محور دو دوست عجیب و غریب میچرخد. بارنی، عروسکی فراری با تخیل سرشار و بونگو، سگ اسباببازی رها شدهای که در جستجوی یک همراه صمیمی است. این دو دوست ناآشنا به طور اتفاقی در پارک مرکزی شهر نیویورک با یکدیگر ملاقات میکنند و سرآغاز یک ماجراجویی هیجانانگیز در قلب این شهر بزرگ رقم میخورد. بارنی که از دنیای امن و بیدغدغه قفسه اسباببازیها فرار کرده است، به دنبال کشف دنیای بیرون و تجربه ماجراهای جدید است. بونگو نیز که از صاحب خود رها شده، به دنبال یافتن یک دوست صمیمی و همیشگی میگردد. این دو شخصیت با وجود تفاوتهای ظاهری و دنیای متفاوتشان، به سرعت با یکدیگر صمیمی میشوند و پیوندی ناگسستنی بین آنها شکل میگیرد. بارنی و بونگو در طول سفر خود در شهر نیویورک، با چالشها و خطرات متعددی روبرو میشوند و ...