فیلم رئیس قرارگاه سیا، داستانی جاسوسی پر از راز و خیانت را در دل شهری مدرن روایت میکند. این فیلم، داستان نیک، یک افسر سابق سیا را دنبال میکند که پس از مرگ همسرش در یک "تصادف" مشکوک، زندگیاش دگرگون میشود. نیک که از گذشتهای پرفراز و نشیب در دنیای جاسوسی برخوردار است، به دنبال یافتن حقیقت در مورد مرگ همسرش، راهی سفری پرمخاطره به دنیای زیرزمینی جاسوسی میشود. او در این مسیر با چالشهای متعددی روبرو میشود و به زودی متوجه میشود که توطئهای بزرگ در حال شکلگیری است که میتواند تمام تصورات او را از دنیای جاسوسی و حتی جهان به چالش بکشد. در این میان، نیک با دشمنی از گذشته روبرو میشود. آنها که زمانی در دو جبهه مخالف هم قرار داشتند، مجبور میشوند برای رسیدن به هدف مشترک خود، یعنی کشف حقیقت و نابودی توطئهگران، با یکدیگر متحد شوند. نیک و دشمنش با همکاری یکدیگر، سرنخهایی را دنبال میکنند که آنها را به لایههای عمیقتر توطئه میکشاند. آنها با خطرات متعددی روبرو میشوند و باید از چنگ دشمنان جدیدی بگریزند که در تاریکی شب فعالیت میکنند.