سریال "در انتهای شب" روایتگر زندگی زوجی جوان به نام "آیدا" و "فرهاد" است که به نظر میرسد زندگی آرامی را در کنار یکدیگر سپری میکنند. اما این آرامش ظاهری دیری نمیپاید و با وقوع یک اتفاق ناگهانی، زندگی آنها به طور کامل دگرگون میشود. آیدا و فرهاد برای رهایی از این وضعیت آشفته و نجات زندگی خود، دست به تلاشهای فراوانی میزنند. اما حل این معضل به سادگی که به نظر میرسد نیست. آنها در این مسیر پر پیچ و خم، راههایی را برای رسیدن به آرامش دوباره و حل مشکلات خود انتخاب میکنند که نه تنها گره از مشکلاتشان نمیگشاید، بلکه چالشهای تازهای را نیز به وجود میآورد.
هرچه بیشتر در این مسیر پیش میروند، رازهای تاریکی از گذشته برملا میشود که زندگی این زوج را تحت تاثیر قرار میدهد. این رازها ابعاد تازهای به ماجرا میبخشند و چالشهای پیش روی آیدا و فرهاد را پیچیدهتر میکنند.